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1.支援多種硬體平臺
由於嵌入式設備硬體平臺的多樣性，CPU晶片的快速更新，嵌入式作業系統要求支援常用的嵌入式CPU，如X86, ARM, MIPS, POWERPC等，並具有良好的可攜性。另外還需要支援種類繁多的外部設備。Linux支援以上幾乎所有的主流晶片，並且還在不斷的被移植到新的晶片上。而在這方面，WinCE顯然差得很遠。
2.佔有較少的硬體資源
由於多數嵌入式系統具有成本敏感性，處理器速度較低 ，記憶體空間較少，這要求嵌入式OS體積小，速度快。Linux體系結構比較靈活，易於裁減，可以小到2M flash，4M RAM。而WinCE對資源的要求更高。
3.高可定制性
由於不同的嵌入式應用對系統要求各不相同，這要求嵌入式OS具備高可定制性，能夠根據需要方便的增加和減少各項功能模組。這一點對於嵌入式領域至關重要，而Linux由於圖形系統不在內核中，且支援模組機制，內核可根據需要加入或去掉功能。其週邊工具擁有眾多選擇，更由於可以自由修改源代碼，具有極強的可定制性。而WinCE/Windows根本無法做到這一點。
4.具有實時處理能力
實時應用分為硬實時和軟實時兩大類，嵌入式OS需要明確是否支援實時和支援哪一類實時應用，需要提供最壞情況響應時間為多長。Linux和WinCE/Windows最初設計時都沒有考慮實時應用，但眾多的實時Linux項目已使Linux具備了硬實時和軟實時處理能力，硬實時有RT-Linux和RTAI，而2.6中加入了可搶佔核心，使得Linux具備了軟實時處理能力，此外還有Timsys和Montavista等實時Linux實現。Linux自由開發模式的優點得到了充分的體現。Windows雖然也有第三方提供類似于RT-linux的實時功能，但由於微軟未提供這方面的支援，也由於Windows可靠性不能滿足要求，很少有人在實時領域使用Windows。但RT-linux已經在美國航太部門，印度軍方等得到了廣泛應用。還有Montavista,Timsys的實時Linux都有很多成功案例。
5.具備強大的網路功能
現在，越來越多的嵌入式設備需要具備網路功能。這要求嵌入式OS支援常用的網路協議和可靠的網路功能。Linux的網路功能經過幾次改進，其效率，功能都很突出。且具有眾多的網路工具，支援幾乎所有常見的網路協議。這些使得Linux在網路設備中倍受青睞，很多防火牆，低端路由器等中使用的都是Linux。而未聞WinCE/windows在這方面有什麼應用。
6.高安全性和高可靠性
嵌入式設備往往對安全性和可靠性要求很高，這要求作為基礎軟體的嵌入式OS具有高安全性和高可靠性。如骨幹網的路由器，交換機等。Linux的可靠性是經過實踐檢驗的，並進一步向高端發展，衝擊Vxworks, Unix的市場。安全性方面Linux病毒極少，並擁有眾多安全增強，有的安全增強Linux達到了B1級別(紅旗RFSOS通過了國家GB17859第三級，等同於TCSEC B1級)。而Windows病毒眾多，漏洞不斷，雖然微軟大力宣傳其通過了CC標準EAL4級，但是需要說明的是，EAL4僅僅說明Windows在多大程度上滿足了它的安全目標，顯然更為重要的是這個目標是什麼，事實上，它通過的是CAPP的EAL4級，仍然相當於TCSEC C2級，Win2000的可靠性比起98等來說有了明顯提高，但尚不足以向高端衝擊，其安全性問題也會大大影響它的可靠性，這二者是緊密聯繫的，不能孤立討論。
7.具有完善的嵌入式GUI和嵌入式瀏覽器
面向用戶的嵌入式終端設備如Smart Phone等，都要求嵌入式OS具有功能完善，控件豐富的嵌入式GUI，並支援功能強大的嵌入式瀏覽器。在這方面WinCE有完善的解決方案，Linux也有QT/Embedded等GUI，Opera等嵌入式瀏覽器，擁有眾多的選擇。
8.實現嵌入式日誌文件系統，具備斷電保護能力
這些功能Linux和Windows都能達到。
9.能夠提供完善的開發工具集
Linux下的開發工具眾多，但不如Windows開發工具易用。不過Windows的開發工具不是為嵌入式領域設計的，功能也不完善。
10.能夠快速啟動
啟動速度二者差不多，但很多嵌入式設備並不需要圖形介面，且由於Linux有源代碼，在硬體固定的情況下可以加速啟動，這時Linux就比WinCE/Windows啟動快多了。通過以上分析，可以很清楚地看到，總體比較而言，在嵌入式領域Linux比WinCE/Windows具有明顯優勢。正因為如此，嵌入式Linux比WinCE/Windows應用領域要廣泛的多。WinCE的優勢在於PC衍生產品，如Pocket PC，高端PDA等。但在其他眾多的嵌入式領域中，WinCE就並不適合了。
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